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克罗恩病(CD)是一种慢性炎症性胃肠道疾病。遗传关联研究已发现CD中自噬异常。在确定的风险位点中，有一个启动子单核苷酸多态性(SNP)(rs13361189)和两个免疫相关GTPase家族M (IRGM)中的基因内SNP (rs9637876, rs10065172)， IRGM是一个编码自噬启动复合体蛋白质的基因。所有这三种snp都被认为可以修饰IRGM的表达，但相关报道存在分歧，而且大多来自细胞系。通过分析基因型-组织表达项目中人类组织的RNA-测序数据，我们发现rs13361189小等位基因携带者降低了全血和回肠末端IRGM的表达，并上调了回肠中ZNF300P1的表达。ZNF300P1位于染色体5q33.1上，与IRGM相邻，编码一条长非编码RNA。来自小等位基因携带者的全血和回肠改变了多个额外基因的表达，这些基因先前与结肠炎和/或自噬有关。其中值得注意的是回肠LTF(乳铁蛋白)和全血TNF(乳糜泻发病的关键细胞因子)的增加，LTF是乳糜泻的粪便炎症生物标志物。最后，我们在一项病例对照研究中证实，所有三个位点的风险等位基因与乳糜泻风险增加有关，但与溃疡性结肠炎风险无关。综上所述，我们的研究结果表明，基因编码的IRGM缺陷可能通过炎症基因网络的失调诱发乳糜泻。基因易感人群疾病靶组织的基因表达谱是一种很有前途的策略，可以为分子发病机制的研究揭示新的线索，并有可能为精确医学提供帮助。