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艰难梭菌是世界各地医院抗生素相关性腹泻的主要原因，因为高毒力流行菌株能够产生大量的大毒素TcdA和TcdB。不幸的是，使用小样本准确定量不同毒素类型的TcdA和TcdB还没有报道。在本研究中，我们使用数据独立分析(MS(E))，通过定量无标签质谱(MS)对<0.1mL培养滤液中的艰难梭菌毒素进行定量。此外，使用基于凝胶和非凝胶的蛋白质组学平台对纯化的TcdA和TcdB以及标准培养滤液进行分析。然后使用基于凝胶的蛋白质组学分析来生成毒素完整性的基本信息并提供序列确认。使用五种不同的蛋白水解酶对两种毒素进行不依赖凝胶的溶液消化，并结合质谱分析，产生了广泛的氨基酸序列覆盖率(TcdA为91%，TcdB为95%)。对培养滤液进行蛋白质组学分析，共鉴定出101种蛋白质，其中包括TcdA、TcdB和s层蛋白。